Bà là con gái út của Vua Léopold III của Bỉ và người vợ thứ hai là Lilian Baels, Hoàng phi xứ Réthy. Các anh chị ruột của bà là Hoàng tử Alexandre và Công chúa Marie-Christine. Bên cạnh đó, bà còn là em cùng cha khác mẹ với Vua Baudouin, Vua Albert II và Công chúa Joséphine-Charlotte của Bỉ.

Công chúa Marie-Esméralda được coi là một trong những nhân chứng sống và đã từng tham gia vào nhiều thước phim tài liệu nói về cuộc đời và chuyện tình giữa Vua Léopold III và Lilian Baels, Hoàng phi xứ Réthy.